സർവകലാശാലകളിലെ വൈസ് ചാൻസലർ നിയമനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ഗവർണറും സർക്കാരും വീണ്ടും ഏറ്റുമുട്ടുന്നു. തന്റെ ചുമതലകൾ നിർവഹിക്കുന്നതിൽ നിന്ന് ആർക്കും തടയാനാവില്ലെന്ന് ഗവർണർ ആരിഫ് മുഹമ്മദ് ഖാൻ വ്യക്തമാക്കി. പലതവണ ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടും സർവകലാശാലകൾ പ്രതിനിധികളെ നൽകിയില്ലെന്നും അദ്ദേഹം കൂട്ടിച്ചേർത്തു. എന്നാൽ, ഗവർണറുടെ സെർച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരണത്തെ നിയമപരമായി നേരിടാനാണ് സർക്കാർ ഒരുങ്ങുന്നത്. നിയമോപദേശം ലഭിച്ച ശേഷം അവർ ഉടൻ തന്നെ ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിക്കും.
കേരളത്തിലെ പത്തിലധികം സർവകലാശാലകളിൽ വൈസ് ചാൻസലർമാരില്ലാത്ത സാഹചര്യത്തിൽ, ആറ് സർവകലാശാലകളിലേക്ക് വി.സി നിയമനത്തിനായി ഗവർണർ സ്വന്തം നിലയിൽ രണ്ടംഗ സെർച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരിച്ചത് പുതിയ തർക്കത്തിന് വഴിവെച്ചു. ഈ നടപടിയെ ഗവർണർ ന്യായീകരിക്കുകയും തന്റെ ഉത്തരവാദിത്തം നിറവേറ്റുകയാണ് ചെയ്തതെന്ന് വ്യക്തമാക്കുകയും ചെയ്തു.
എന്നാൽ, സെർച്ച് കമ്മിറ്റി രൂപീകരണത്തിനെതിരെ കോടതിയെ സമീപിക്കാനാണ് സർക്കാർ ഒരുങ്ങുന്നത്. വി.സി നിയമനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് നിയമസഭ പാസാക്കിയ ബില്ലുകളിൽ രാഷ്ട്രപതി ഒപ്പിട്ടിട്ടില്ലാത്തതിനാൽ, സർക്കാർ ഇതിനകം സുപ്രീംകോടതിയെ സമീപിച്ചിരിക്കുകയാണ്. സുപ്രീംകോടതിയുടെ പരിഗണനയിലിരിക്കുന്ന വിഷയമായതിനാൽ പുതിയ സെർച്ച് കമ്മിറ്റികൾ നിയമപരമായി നിലനിൽക്കില്ലെന്നാണ് സർക്കാരിന്റെ വാദം. നിയമോപദേശം ലഭിച്ച ശേഷം സർക്കാർ ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിക്കും. സർവകലാശാലകൾ സിൻഡിക്കേറ്റ് തലത്തിൽ കോടതിയെ സമീപിക്കാനും ആലോചിക്കുന്നുണ്ട്.